TED in the Field
Craig Venter: Watch me unveil "synthetic life"
Craig Venter "sentetik yaşam"ın açılışını yapıyor
Filmed:
Readability: 5
1,297,241 views
Craig Venter ve takımı tarihi bir açıklama yapıyor: ilk defa sentetik DNA tarafından kontrol edilen, tamamen işlev gören, çoğalan hücreyi yarattılar. Bunu nasıl yaptıklarını ve bunun bilim için neden yeni bir çağın başlangıcı olduğunu anlatıyor.
Craig Venter - Biologist, genetics pioneer
In 2001, Craig Venter made headlines for sequencing the human genome. In 2003, he started mapping the ocean's biodiversity. And now he's created the first synthetic lifeforms -- microorganisms that can produce alternative fuels. Full bio
In 2001, Craig Venter made headlines for sequencing the human genome. In 2003, he started mapping the ocean's biodiversity. And now he's created the first synthetic lifeforms -- microorganisms that can produce alternative fuels. Full bio
Double-click the English transcript below to play the video.
00:16
We're here today to announce
0
1000
2000
Bugün ilk sentetik hücreyi,
00:18
the first synthetic cell,
1
3000
3000
bilgisayardaki
00:21
a cell made by
2
6000
2000
dijital kodla başlayıp
00:23
starting with the digital code in the computer,
3
8000
3000
kromozomunu
00:26
building the chromosome
4
11000
3000
dört şişe kimyasaldan,
00:29
from four bottles of chemicals,
5
14000
3000
bu yapılan kromozomu
00:32
assembling that chromosome in yeast,
6
17000
2000
maya içinde birleştirip
00:34
transplanting it into
7
19000
3000
alıcı bir bakteri hücresine
00:37
a recipient bacterial cell
8
22000
2000
naklederek, bu hücreyi de
00:39
and transforming that cell
9
24000
2000
yeni bakteri türüne dönüştürdüğümüzü
00:41
into a new bacterial species.
10
26000
2000
açıklamak için buradayız.
00:44
So this is the first self-replicating species
11
29000
3000
Bu dünyada kendi kendine çoğalabilen,
00:47
that we've had on the planet
12
32000
2000
ebeveynleri bir bilgisayar olan
00:49
whose parent is a computer.
13
34000
3000
ilk hücre.
00:52
It also is the first species
14
37000
2000
Aynı zamanda kendi
00:54
to have its own website
15
39000
2000
internet sitesi genetik kodunda
00:56
encoded in its genetic code.
16
41000
3000
yazılı olan ilk tür.
00:59
But we'll talk more about
17
44000
2000
Bu gelişmelerden
01:01
the watermarks in a minute.
18
46000
3000
birazdan bahsedeceğiz.
01:04
This is a project that had its inception
19
49000
2000
Bu proje 15 yıl önce
01:06
15 years ago
20
51000
2000
takımımız
01:08
when our team then --
21
53000
2000
tarihte ilk defa iki genomu
01:10
we called the institute TIGR --
22
55000
2000
dizelemeye çalışırken
01:12
was involved in sequencing
23
57000
2000
-- enstitümüze TIGR diyorduk --
01:14
the first two genomes in history.
24
59000
2000
başladı.
01:16
We did Haemophilus influenzae
25
61000
2000
Haemophilus influenzae'yı
01:18
and then the smallest genome of a self-replicating organism,
26
63000
3000
ve sonra kendi kendine çoğalabilen en küçük genom olan
01:21
that of Mycoplasma genitalium.
27
66000
3000
Mycoplasma genitalium'u yaptık.
01:24
And as soon as
28
69000
2000
Bu iki sıralamayı
01:26
we had these two sequences
29
71000
2000
yapar yapmaz
01:28
we thought, if this is supposed to be the smallest genome
30
73000
3000
düşündük ki, eğer bu kendi kendine çoğalabilen
01:31
of a self-replicating species,
31
76000
2000
en küçük genomsa
01:33
could there be even a smaller genome?
32
78000
2000
daha da küçüğü olabilir mi?
01:35
Could we understand the basis of cellular life
33
80000
3000
Hücresel yaşamın temelini
01:38
at the genetic level?
34
83000
2000
genetik düzeyinde anlayabilir miyiz?
01:40
It's been a 15-year quest
35
85000
2000
Bazı soruları cevaplayabildiğimiz
01:42
just to get to the starting point now
36
87000
2000
bu başlangıç noktasına gelmemiz
01:44
to be able to answer those questions,
37
89000
3000
15 yılımızı aldı.
01:47
because it's very difficult to eliminate
38
92000
2000
Çünkü bir hücreden birden fazla
01:49
multiple genes from a cell.
39
94000
2000
geni elemek çok zor.
01:51
You can only do them one at a time.
40
96000
3000
Bunu sadece birer birer yapabilirsiniz.
01:54
We decided early on
41
99000
2000
Daha önceden kimsenin bunu yapmamış olmasına rağmen
01:56
that we had to take a synthetic route,
42
101000
2000
bu sentetik yolu seçerek
01:58
even though nobody had been there before,
43
103000
2000
bir bakteri kromozomu sentezleyip
02:00
to see if we could synthesize
44
105000
2000
gen içeriğini değiştirerek
02:02
a bacterial chromosome
45
107000
2000
yaşam için gerekli olan genleri anlamaya
02:04
so we could actually vary the gene content
46
109000
2000
çalışmaya
02:06
to understand the essential genes for life.
47
111000
3000
erkenden karar verdik.
02:09
That started our 15-year quest
48
114000
3000
Buraya gelmek için 15 yıllık
02:12
to get here.
49
117000
2000
serüvenimize başladık.
02:14
But before we did the first experiments,
50
119000
2000
İlk deneyleri yapmadan önce
02:16
we actually asked
51
121000
3000
Pensilvanya Üniversite'sinden
02:19
Art Caplan's team at the University of Pennsylvania
52
124000
3000
Art Caplan'ın takımına
02:22
to undertake a review
53
127000
2000
karşılabileceğimiz riskleri,
02:24
of what the risks, the challenges,
54
129000
3000
engelleri ve
02:27
the ethics around creating new
55
132000
2000
labaratuvarda yeni bir tür yaratmanın
02:29
species in the laboratory were
56
134000
2000
etiğini, daha önce kimse yapmadığı için
02:31
because it hadn't been done before.
57
136000
2000
danıştık.
02:33
They spent about two years
58
138000
2000
Onlar bağımsız olarak
02:35
reviewing that independently
59
140000
2000
iki yıl bunu araştırdılar
02:37
and published their results in Science in 1999.
60
142000
3000
ve sonuçlarını 1999'da Science dergisinde yayınladılar.
02:40
Ham and I took two years off
61
145000
2000
Ham ve ben iki yıl ara verip
02:42
as a side project to sequence the human genome,
62
147000
2000
yan projemiz olan insan genomu haritası çıkarmakla uğraştık,
02:44
but as soon as that was done
63
149000
2000
ama makale yayınlandıktan sonra
02:46
we got back to the task at hand.
64
151000
3000
asıl projemize geri döndük.
02:50
In 2002, we started
65
155000
2000
2002'de
02:52
a new institute,
66
157000
2000
yeni bir ensitütü olan
02:54
the Institute for Biological Energy Alternatives,
67
159000
3000
Biyolojik Enerji Alternatifleri Ensitütüsü'nü (the Institute for Biological Energy Alternatives)
02:57
where we set out two goals:
68
162000
2000
kurduk ve kendimize iki amaç belirledik.
02:59
One, to understand
69
164000
2000
Birincisi teknolojimizin çevre
03:01
the impact of our technology on the environment,
70
166000
3000
üzerindeki etkilerini ve
03:04
and how to understand the environment better,
71
169000
2000
çevremizi daha iyi anlamak.
03:06
and two, to start down this process
72
171000
2000
İkincisi, sentetik yaşamı
03:08
of making synthetic life
73
173000
3000
yaparak
03:11
to understand basic life.
74
176000
3000
temel yaşamı anlamak.
03:14
In 2003,
75
179000
2000
2003'te
03:16
we published our first success.
76
181000
2000
ilk başarımızı yayınladık.
03:18
So Ham Smith and Clyde Hutchison
77
183000
2000
Ham Smith ve Clyde Hutchison
03:20
developed some new methods
78
185000
2000
küçük çapta
03:22
for making error-free DNA
79
187000
3000
hatasız DNA yapımı için bazı yöntemler
03:25
at a small level.
80
190000
2000
geliştirdiler.
03:27
Our first task was
81
192000
2000
İlk görevimiz 5000 harflik kodu olan
03:29
a 5,000-letter code bacteriophage,
82
194000
3000
bir bakteriyofajdı,
03:32
a virus that attacks only E. coli.
83
197000
3000
sadece E. coli'ye saldıran bir tür virüs.
03:36
So that was
84
201000
2000
Bu tarihsel nedenlerle
03:38
the phage phi X 174,
85
203000
2000
seçilmiş
03:40
which was chosen for historical reasons.
86
205000
2000
faj phi X 174 idi.
03:42
It was the first DNA phage,
87
207000
3000
Sıralanan ilk DNA fajıydı,
03:45
DNA virus, DNA genome
88
210000
3000
DNA virüsü,
03:48
that was actually sequenced.
89
213000
2000
DNA genomu.
03:50
So once we realized
90
215000
3000
Virüs boyutunda
03:53
that we could make 5,000-base pair
91
218000
2000
5000 baz çiftine sahip
03:55
viral-sized pieces,
92
220000
2000
parçayı yapabildiğimizi anlayınca
03:57
we thought, we at least have the means
93
222000
2000
bu büyük kromozomu yapmak için
03:59
then to try and make serially lots of these pieces
94
224000
3000
seri olarak birçok parçayı yapıp
04:02
to be able to eventually assemble them together
95
227000
3000
sonunda birleştirmek için
04:05
to make this mega base chromosome.
96
230000
3000
yeterli olanağımız olduğunu anladık.
04:09
So, substantially larger than
97
234000
2000
Yani başlangıçta düşündüğümüzden
04:11
we even thought we would go initially.
98
236000
3000
çok daha büyüğünü yapacaktık.
04:15
There were several steps to this. There were two sides:
99
240000
3000
Bunu yapmak için birçok aşama vardı. İşin iki yönü vardı.
04:18
We had to solve the chemistry
100
243000
2000
Büyük DNA molekülleri yapmak için
04:20
for making large DNA molecules,
101
245000
2000
gerekli olan kimyayı çözmemiz
04:22
and we had to solve the biological side
102
247000
2000
ve bu kimyasal varlığı yaptığımızda
04:24
of how, if we had this new chemical entity,
103
249000
3000
alıcı bir hücrede
04:27
how would we boot it up, activate it
104
252000
3000
nasıl başlatıp hayata geçirebileceğimizin
04:30
in a recipient cell.
105
255000
3000
biyolojik yönünü çözmemiz gerekiyordu.
04:33
We had two teams working in parallel:
106
258000
2000
Paralel olarak çalışan iki takımımız vardı
04:35
one team on the chemistry,
107
260000
2000
bir takım, işin kimyasal yönüyle
04:37
and the other on trying to
108
262000
3000
diğer takım da tüm bir kromozomu
04:40
be able to transplant
109
265000
2000
naklederek
04:42
entire chromosomes
110
267000
2000
yeni hücreler
04:44
to get new cells.
111
269000
3000
yaratmakla uğraşıyordu.
04:47
When we started this out, we thought the synthesis would be the biggest problem,
112
272000
3000
Bu işe başladığımızda, sentezin en zor iş olacağını düşünmüştük
04:50
which is why we chose the smallest genome.
113
275000
3000
bu yüzden olabilecek en küçük genomu seçmiştik.
04:53
And some of you have noticed that we switched from the smallest genome
114
278000
3000
Ama bazılarınız en olabilecek en küçük genomdan
04:56
to a much larger one.
115
281000
2000
çok daha büyüğüne geçtiğimizi fark etti.
04:58
And we can walk through the reasons for that,
116
283000
2000
Bunun nedenlerinden bahsedebiliriz,
05:00
but basically the small cell
117
285000
3000
ama kısaca, küçük hücreden
05:03
took on the order of
118
288000
2000
sonuç almak
05:05
one to two months to get results from,
119
290000
3000
bir ila iki ay sürerken
05:08
whereas the larger, faster-growing cell
120
293000
2000
büyük, daha hızlı büyüyen hücreden sonuç almak
05:10
takes only two days.
121
295000
2000
sadece iki gün sürüyor.
05:12
So there's only so many cycles we could go through
122
297000
3000
Yani, döngü başına altı haftadan
05:15
in a year at six weeks per cycle.
123
300000
3000
bir yılda sadece birkaç döngü yapabiliyor
05:18
And you should know that basically
124
303000
2000
Ve şunu bilmelisiniz ki
05:20
99, probably 99 percent plus
125
305000
3000
yüzde 99, belki de daha yüksek ihtimalle
05:23
of our experiments failed.
126
308000
2000
deneylerimiz başarısızlıkla sonuçlandı.
05:25
So this was a debugging,
127
310000
2000
Yani bu bir çeşit hatalarımız ayıklama,
05:27
problem-solving scenario from the beginning
128
312000
3000
problem çözme süreciydi başından beri,
05:30
because there was no recipe
129
315000
2000
çünkü bizi sonuca götürecek
05:32
of how to get there.
130
317000
2000
belirli bir tarifimiz yoktu.
05:34
So, one of the most important publications we had
131
319000
3000
Şimdiye kadarki en önemli yayınımız
05:37
was in 2007.
132
322000
2000
2007'deydi.
05:39
Carole Lartigue led the effort
133
324000
3000
Carole Lartigue bir bakteri kromozomunu
05:42
to actually transplant a bacterial chromosome
134
327000
3000
bir bakteriden diğerine
05:45
from one bacteria to another.
135
330000
2000
başarıyla aktardı.
05:47
I think philosophically, that was one of the most important papers
136
332000
3000
Sanırım felsefi olarak, yayınladığımız
05:50
that we've ever done
137
335000
2000
en önemli makalelerden biriydi,
05:52
because it showed how dynamic life was.
138
337000
3000
çünkü yaşamın ne kadar dinamik olduğunu gösteriyordu.
05:55
And we knew, once that worked,
139
340000
2000
Ve bu bir kez olduğunda
05:57
that we actually had a chance
140
342000
2000
sentetik kromozomlarla da
05:59
if we could make the synthetic chromosomes
141
344000
2000
aynı şeyi yapabilmek için
06:01
to do the same with those.
142
346000
3000
gerçekten bir şansımız olduğunu düşündük.
06:04
We didn't know that it was going to take us
143
349000
2000
Bunu başarabilmek için daha birkaç
06:06
several years more to get there.
144
351000
2000
yıla ihtiyacımız olduğunu bilmiyorduk.
06:08
In 2008,
145
353000
2000
2008'de
06:10
we reported the complete synthesis
146
355000
2000
Mycoplasma genitalium'un 500.000 harften biraz fazla olan
06:12
of the Mycoplasma genitalium genome,
147
357000
3000
gen haritasının tamamen sentezlendiğini
06:15
a little over 500,000 letters of genetic code,
148
360000
3000
duyurduk, ama henüz
06:19
but we have not yet succeeded in booting up that chromosome.
149
364000
3000
o kromozomu hayata geçirmeyi başaramamıştık.
06:22
We think in part, because of its slow growth
150
367000
3000
Sanıyoruz ki yavaş büyümesi
06:26
and, in part,
151
371000
2000
ve biraz da
06:28
cells have all kinds of unique defense mechanisms
152
373000
3000
hücrelerin kendilerine özel birçok çeşit savunma mekanizmaları
06:31
to keep these events from happening.
153
376000
2000
bunun gerçekleşmesini engelledi.
06:33
It turned out the cell that we were trying to transplant into
154
378000
3000
Sonradan anladık ki bizim nakli yapmaya çalıştığımız hücrenin
06:36
had a nuclease, an enzyme that chews up DNA on its surface,
155
381000
3000
bir nükleazı vardı, üzerindeki DNA'yı çiğneyip
06:39
and was happy to eat
156
384000
2000
bizim ona verdiğimiz DNA'yı
06:41
the synthetic DNA that we gave it
157
386000
2000
yemekten hoşlanan bir enzimi,
06:43
and never got transplantations.
158
388000
3000
bu yüzden nakillerimizi alamadı.
06:46
But at the time, that was the largest
159
391000
2000
Ama o zaman, bu tanımlanmış
06:48
molecule of a defined structure
160
393000
2000
bir bünyesi olan
06:50
that had been made.
161
395000
2000
en büyük hücreydi.
06:52
And so both sides were progressing,
162
397000
2000
İki taraf da ilerleme kaydediyordu,
06:54
but part of the synthesis
163
399000
2000
ama sentezin bir parçasının
06:56
had to be accomplished or was able to be accomplished
164
401000
3000
mayayla, parçaları mayaya koyarak
06:59
using yeast, putting the fragments in yeast
165
404000
3000
ve mayanın parçaları bizim için birleştirmesiyle
07:02
and yeast would assemble these for us.
166
407000
2000
yapılması gerekiyordu ya da yapılabilirdi.
07:04
It's an amazing step forward,
167
409000
3000
Bu atılmış önemli bir adımdı
07:07
but we had a problem because now we had
168
412000
2000
ama bir sorunumuz vardı çünkü şimdi
07:09
the bacterial chromosomes growing in yeast.
169
414000
3000
mayada büyüyen bakteri kromozomlarımız vardı.
07:12
So in addition to doing the transplant,
170
417000
3000
Şimdi nakletme problemimizin üstüne
07:15
we had to find out how to get a bacterial chromosome
171
420000
2000
bir de ökaryotik bir mayadan bir bakteri kromozomunu
07:17
out of the eukaryotic yeast
172
422000
2000
çıkarıp
07:19
into a form where we could transplant it
173
424000
2000
alıcı bir hücreye nakledecek
07:21
into a recipient cell.
174
426000
3000
hale getirmemiz gerekiyordu.
07:25
So our team developed new techniques
175
430000
3000
Takımımız bakteri kromozomlarını mayada
07:28
for actually growing, cloning
176
433000
2000
büyütmek, klonlamak
07:30
entire bacterial chromosomes in yeast.
177
435000
2000
için yeni teknikler geliştirdiler.
07:32
So we took the same mycoides genome
178
437000
3000
Sonunda Carole'ın ilk olarak
07:35
that Carole had initially transplanted,
179
440000
2000
naklettiği mycoides genomunu alıp
07:37
and we grew that in yeast
180
442000
2000
mayada, yapay bir kromozom
07:39
as an artificial chromosome.
181
444000
3000
olarak büyüttük.
07:42
And we thought this would be a great test bed
182
447000
2000
Bunun mayadan kromozomları alıp
07:44
for learning how to get chromosomes out of yeast
183
449000
2000
nakletmek için harika bir
07:46
and transplant them.
184
451000
2000
test yatağı olduğunu düşündük.
07:48
When we did these experiments, though,
185
453000
2000
Ama bunun deneylerini yaptığımızda
07:50
we could get the chromosome out of yeast
186
455000
2000
kromozomları mayadan alabiliyorduk
07:52
but it wouldn't transplant and boot up a cell.
187
457000
3000
ama nakledip bir hücreyi hayata geçiremiyorduk.
07:56
That little issue took the team two years to solve.
188
461000
3000
Takımın bu sorunu aşması iki yıl sürdü.
07:59
It turns out, the DNA in the bacterial cell
189
464000
3000
Sonradan anladık ki bakteri hücresindeki DNA'da
08:02
was actually methylated,
190
467000
2000
methil alkol vardı
08:04
and the methylation protects it from the restriction enzyme,
191
469000
3000
ve bu metik alkol bizi kısıtlayan enzimin
08:08
from digesting the DNA.
192
473000
3000
DNA'yı sindirmesini engelliyordu.
08:11
So what we found is if we took the chromosome
193
476000
2000
Yani şunu anladık ki
08:13
out of yeast and methylated it,
194
478000
2000
kromozomu mayadan alıp metil alkol ekleyince
08:15
we could then transplant it.
195
480000
2000
nakledebilirdik.
08:17
Further advances came
196
482000
2000
Takım kısıtlayıcı enzim genlerini
08:19
when the team removed the restriction enzyme genes
197
484000
3000
alıcı capricolum hücresinden çıkardığında
08:22
from the recipient capricolum cell.
198
487000
3000
daha fazla ilerledik.
08:25
And once we had done that, now we can take
199
490000
2000
Ve bunu yaptığımızda artık
08:27
naked DNA out of yeast and transplant it.
200
492000
3000
çıplak DNA'yı mayadan çıkarıp nakledebilirdik.
08:30
So last fall
201
495000
2000
Geçtiğimiz sonbahar
08:32
when we published the results of that work in Science,
202
497000
3000
bu çalışmamımız sonuçlarını Science dergisinde yayınladığımızda
08:35
we all became overconfident
203
500000
2000
kendimizden son derece emindik
08:37
and were sure we were only
204
502000
2000
artık mayadan bir kromozomu
08:39
a few weeks away
205
504000
2000
hayata geçirmemiz için
08:41
from being able to now boot up
206
506000
2000
sadece birkaç
08:43
a chromosome out of yeast.
207
508000
3000
hafta kalmıştı.
08:46
Because of the problems with
208
511000
2000
Mycoplasma genitalium ve onun gelişimiyle ilgili
08:48
Mycoplasma genitalium and its slow growth
209
513000
3000
sorunlarımızdan dolayı
08:51
about a year and a half ago,
210
516000
3000
bir buçuk yıl kadar önce
08:54
we decided to synthesize
211
519000
3000
daha büyük bir kromozom olan
08:57
the much larger chromosome, the mycoides chromosome,
212
522000
3000
mycoides kromozumunu sentezlemeye karar verdik.
09:00
knowing that we had the biology worked out on that
213
525000
3000
Bunun naklı için gerekli biyoloji bilgisine
09:03
for transplantation.
214
528000
2000
sahip olduğumuzu biliyorduk.
09:05
And Dan led the team for the synthesis
215
530000
2000
Ve Dan bu bir milyon baz çiftine sahip kromozumu
09:07
of this over one-million-base pair chromosome.
216
532000
3000
sentezleyen takımı yönetti.
09:12
But it turned out it wasn't going to be as simple in the end,
217
537000
3000
Ama sonunda sandığımız kadar kolay olmayacağını gördük.
09:15
and it set us back three months
218
540000
2000
Bu bir milyon baz çiftine sahip
09:17
because we had one error
219
542000
2000
olan kromozomdaki bir hata yüzünden
09:19
out of over a million base pairs in that sequence.
220
544000
3000
üç ay geciktik.
09:22
So the team developed new debugging software,
221
547000
3000
Sonunda takım bütün sentetik parçaları
09:25
where we could test each synthetic fragment
222
550000
3000
birleştirerek doğal bir DNA'da büyüyüp büyüyemeyeceğini
09:28
to see if it would grow in a background
223
553000
2000
test edebileceği yeni bir hata bulma
09:30
of wild type DNA.
224
555000
3000
yazılımı geliştirdi.
09:33
And we found that 10 out of the 11
225
558000
3000
Ve öğrendik ki bizim sentezlediğimiz 100.000
09:36
100,000-base pair pieces we synthesized
226
561000
3000
baz çiftinde her 11 parçadan 10'u
09:39
were completely accurate
227
564000
2000
tamamen doğruydu
09:41
and compatible with
228
566000
2000
ve bir yaşam oluşturabilecek
09:43
a life-forming sequence.
229
568000
3000
sırayla uyumluydu.
09:47
We narrowed it down to one fragment;
230
572000
2000
Bunu bir parçaya indirgedik.
09:49
we sequenced it
231
574000
2000
Onu sıraladık ve
09:51
and found just one base pair had been deleted
232
576000
2000
önemli bir genden sadece bir baz çiftinin
09:53
in an essential gene.
233
578000
2000
silinmiş olduğunu gördük.
09:55
So accuracy is essential.
234
580000
3000
Sonuç olarak doğruluk çok önemliydi.
09:58
There's parts of the genome
235
583000
2000
Gen haritasının bazı bölümleri
10:00
where it cannot tolerate even a single error,
236
585000
3000
bir hatayı bile kaldıramazken
10:03
and then there's parts of the genome
237
588000
2000
bazı bölümlerine kocaman
10:05
where we can put in large blocks of DNA,
238
590000
2000
DNA blokları koyabiliyorduk
10:07
as we did with the watermarks,
239
592000
2000
ve bu bloklar her çeşit
10:09
and it can tolerate all kinds of errors.
240
594000
3000
hatayı kaldırabiliyordu.
10:12
So it took about three months to find that error
241
597000
3000
Bu hatayı bulup düzeltmemiz
10:15
and repair it.
242
600000
2000
üç ayımızı aldı.
10:17
And then early one morning, at 6 a.m.
243
602000
3000
Sonra, bir sabah saat 6'da
10:20
we got a text from Dan
244
605000
3000
Dan'den ilk mavi kolonilerin
10:23
saying that, now, the first blue colonies existed.
245
608000
3000
yaşadığına dair bir SMS aldık.
10:26
So, it's been a long route to get here:
246
611000
3000
Bu noktaya gelmemiz uzun zamanımızı--
10:29
15 years from the beginning.
247
614000
3000
15 yılımızı aldı.
10:32
We felt
248
617000
2000
Bu alandaki ilkelerden
10:34
one of the tenets of this field
249
619000
2000
birininin kesinlikle
10:36
was to make absolutely certain
250
621000
3000
emin bir şekilde sentetik DNA'yı
10:39
we could distinguish synthetic DNA
251
624000
3000
doğal DNA'dan ayırt etmek
10:42
from natural DNA.
252
627000
2000
gerektiğini öğrendik.
10:44
Early on, when you're working in a new area of science,
253
629000
3000
Başlangıçta, bilimin yeni bir alanında çalışırken
10:47
you have to think about all the pitfalls
254
632000
3000
düşebileceğiniz bütün hataları düşünmeniz
10:50
and things that could lead you
255
635000
2000
ve aslında birşey yapmamış olmanıza rağmen
10:52
to believe that you had done something when you hadn't,
256
637000
3000
birşey yaptığınızı düşünmemeniz ve daha da kötüsü
10:55
and, even worse, leading others to believe it.
257
640000
3000
başkalarını düşündürmemeniz gerekir.
10:58
So, we thought the worst problem would be
258
643000
2000
En büyük hatanın asıl kromozomun
11:00
a single molecule contamination
259
645000
3000
bir molekülünün hatalı olup
11:03
of the native chromosome,
260
648000
2000
onun sadece bir
11:05
leading us to believe that we actually had
261
650000
3000
atık olduğunu değil de
11:08
created a synthetic cell,
262
653000
2000
bizim gerçekten sentetik yaşam
11:10
when it would have been just a contaminant.
263
655000
2000
yarattığımızı sanmamız olacağını düşündük.
11:12
So early on, we developed the notion
264
657000
2000
Bu yüzden, DNA'yı başlangıçta
11:14
of putting in watermarks in the DNA
265
659000
2000
su izleri ile işaretleyip
11:16
to absolutely make clear
266
661000
2000
DNA'nın sentetik olduğunu belirtme
11:18
that the DNA was synthetic.
267
663000
3000
gibi bir alışkanlık edindik.
11:21
And the first chromosome we built
268
666000
3000
Ve 2008'de yaptığımız
11:24
in 2008 --
269
669000
2000
ilk kromozomun,
11:26
the 500,000-base pair one --
270
671000
2000
500.000 baz çiftlik olanın
11:28
we simply assigned
271
673000
3000
genetik haritasına
11:31
the names of the authors of the chromosome
272
676000
3000
kromozomu yazanların isimlerini
11:34
into the genetic code,
273
679000
3000
yazdık.
11:37
but it was using just amino acid
274
682000
2000
Ancak amino asitlerin
11:39
single letter translations,
275
684000
2000
alfabedeki karşılıkları
11:41
which leaves out certain letters of the alphabet.
276
686000
3000
belirli harflere denk geliyor.
11:45
So the team actually developed a new code
277
690000
3000
Sonuçta takım kodun kodunun içinde
11:48
within the code within the code.
278
693000
3000
yeni bir kod yarattı.
11:51
So it's a new code
279
696000
2000
Yani DNA'nın içindeki mesajları okumak ve içine mesajlar yazmak
11:53
for interpreting and writing messages in DNA.
280
698000
3000
için yeni bir kod geliştirildi.
11:56
Now, mathematicians have been hiding and writing
281
701000
3000
Uzun bir süredir matematikçiler
11:59
messages in the genetic code for a long time,
282
704000
3000
genetik koda mesajlar saklayıp yazıyorlardı
12:02
but it's clear they were mathematicians and not biologists
283
707000
3000
ama onlar biyolog değil matematikçiydiler
12:05
because, if you write long messages
284
710000
3000
ve eğer matematikçilerin geliştirdiği kodla
12:08
with the code that the mathematicians developed,
285
713000
3000
uzun mesajlar yazarsanız
12:11
it would more than likely lead to
286
716000
2000
büyük olasılıkla
12:13
new proteins being synthesized
287
718000
3000
bilinmeyen fonksiyonları olan
12:16
with unknown functions.
288
721000
3000
yeni proteinlerin üretilmesine neden olursunuz.
12:19
So the code that Mike Montague and the team developed
289
724000
3000
Bu yüzden Mike Montague ve takımının geliştirdiği kodlama
12:22
actually puts frequent stop codons,
290
727000
2000
sıklıkla stop kodonları koyuyor.
12:24
so it's a different alphabet
291
729000
3000
Yani bu farklı bir alfabe
12:27
but allows us to use
292
732000
2000
ama noktalama işaretleri ve
12:29
the entire English alphabet
293
734000
3000
sayılarla bütün İngiliz alfabesini
12:32
with punctuation and numbers.
294
737000
2000
kullanmamıza izin veriyor.
12:34
So, there are four major watermarks
295
739000
2000
Bin baz çiftlik kodda
12:36
all over 1,000 base pairs of genetic code.
296
741000
3000
dört temel su izi var.
12:39
The first one actually contains within it
297
744000
3000
İlki kodun geri kalanının
12:42
this code for interpreting
298
747000
3000
nasıl yorumlanacağı
12:45
the rest of the genetic code.
299
750000
2000
bilgisini içeriyor.
12:49
So in the remaining information,
300
754000
2000
Su izlerindeki geri kalan bilgide de
12:51
in the watermarks,
301
756000
2000
kodu yazan,
12:53
contain the names of, I think it's
302
758000
3000
ve projenin bu noktaya gelmesinde
12:56
46 different authors
303
761000
2000
katkısı olan
12:58
and key contributors
304
763000
2000
sanırım 46 kişinin
13:00
to getting the project to this stage.
305
765000
3000
isimleri yazıyor.
13:04
And we also built in
306
769000
2000
Ayrıca bu koda bir internet sitesi
13:06
a website address
307
771000
3000
adresi de ekledik ki
13:09
so that if somebody decodes the code
308
774000
2000
eğer birileri kodun içindeki kodun içindeki
13:11
within the code within the code,
309
776000
2000
kodu çözerse, bu adrese
13:13
they can send an email to that address.
310
778000
2000
e-posta atsın diye.
13:15
So it's clearly distinguishable
311
780000
3000
Yani bu, diğer türlerden
13:18
from any other species,
312
783000
2000
oldukça farklı,
13:20
having 46 names in it,
313
785000
3000
içinde 46 isim ve
13:23
its own web address.
314
788000
3000
kendi internet adresi var.
13:27
And we added three quotations,
315
792000
3000
Ayrıca üç özlü söz de ekledik
13:30
because with the first genome
316
795000
2000
çünkü ilk genomda
13:32
we were criticized for not trying to say something more profound
317
797000
3000
sadece eserimizi imzalayıp daha derin birşeyler
13:35
than just signing the work.
318
800000
2000
söylemediğimiz için eleştirilmiştik.
13:37
So we won't give the rest of the code,
319
802000
2000
Kodun geri kalanını burada vermeyecegiz,
13:39
but we will give the three quotations.
320
804000
2000
sadece üç özlü sözü vereceğiz.
13:41
The first is,
321
806000
2000
İlki,
13:43
"To live, to err,
322
808000
2000
"Yaşamak, hata yapmak,
13:45
to fall, to triumph
323
810000
2000
düşmek, zafer kazanmak
13:47
and to recreate life out of life."
324
812000
2000
ve yaşamdan yaşam yaratmak."
13:49
It's a James Joyce quote.
325
814000
2000
Jaymes Joyce'tan.
13:53
The second quotation is, "See things not as they are,
326
818000
3000
İkinci özlü söz: "Varlıkları oldukları gibi değil,
13:56
but as they might be."
327
821000
2000
olabilecekleri gibi görün."
13:58
It's a quote from the "American Prometheus"
328
823000
3000
Bu Robert Oppenheimer üzerine yazılmış
14:01
book on Robert Oppenheimer.
329
826000
2000
"American Prometheus" kitabından bir alıntı.
14:03
And the last one is a Richard Feynman quote:
330
828000
3000
Sonuncusu Richard Feynman'ın bir sözü.
14:06
"What I cannot build,
331
831000
2000
"Yaratamadıklarımı,
14:08
I cannot understand."
332
833000
2000
anlayamam."
14:13
So, because this is as much a philosophical advance
333
838000
3000
Bunun teknik olduğu kadar
14:16
as a technical advance in science,
334
841000
3000
felsefik bir gelişme de olduğu için
14:19
we tried to deal with both the philosophical
335
844000
3000
işin hem felsefi hem de
14:22
and the technical side.
336
847000
2000
teknik boyutuyla ilgilenmeye çalıştık.
14:24
The last thing I want to say before turning it over to questions
337
849000
2000
Sorulara geçmeden önce son söylemek istediğim şey,
14:26
is that the extensive work
338
851000
3000
yaptığımız bu
14:29
that we've done --
339
854000
2000
kapsamlı iş,
14:31
asking for ethical review,
340
856000
2000
etik araştırmasını yaptırmamız,
14:33
pushing the envelope
341
858000
2000
teknik alanda olduğu kadar
14:35
on that side as well as the technical side --
342
860000
3000
bu alanda da sınırları zorlamamız,
14:38
this has been broadly discussed in the scientific community,
343
863000
3000
bilim toplumunda,
14:41
in the policy community
344
866000
2000
siyasi toplumda
14:43
and at the highest levels of the federal government.
345
868000
3000
ve devletin en üst kademelerinde tartışıldı.
14:46
Even with this announcement,
346
871000
3000
Bu bildiri bile
14:49
as we did in 2003 --
347
874000
2000
2003'te yaptığımız gibi --
14:51
that work was funded by the Department of Energy,
348
876000
3000
o iş Enerji Bakanlığı sponsorluğundaydı --
14:54
so the work was reviewed
349
879000
2000
Beyaz Saray'ın en üst kademelerinde
14:56
at the level of the White House,
350
881000
2000
bu işin gizli mi olması gerektiği yoksa yayınlanması mi
14:58
trying to decide whether to classify the work or publish it.
351
883000
3000
gerektiği konusunda değerlendirildi.
15:01
And they came down on the side of open publication,
352
886000
3000
Sonunda, doğru yol olan,
15:04
which is the right approach --
353
889000
3000
yayınlanması gerektiğine karar verildi.
15:07
we've briefed the White House,
354
892000
2000
Beyaz Saray'ı bu konuda bilgilendirdik.
15:09
we've briefed members of Congress,
355
894000
3000
Amerikan Kongresi üyelerini bilgilendirdik.
15:12
we've tried to take and push
356
897000
2000
İşin siyasi boyutuyla da
15:14
the policy issues
357
899000
2000
teknik gelişmelerle paralel
15:16
in parallel with the scientific advances.
358
901000
3000
olarak ilgilendik.
15:20
So with that, I would like
359
905000
2000
Bununla birlikte,
15:22
to open it first to the floor for questions.
360
907000
3000
sizin sorularınıza geçmek istiyorum.
15:25
Yes, in the back.
361
910000
2000
Evet, arkadaki soruyu alayım.
15:27
Reporter: Could you explain, in layman's terms,
362
912000
2000
Gazeteci: Bunun ne kadar önemli bir çığır açtığını
15:29
how significant a breakthrough this is please?
363
914000
3000
herkesin anlayabileceği şekilde açıklar mısınız lütfen?
15:33
Craig Venter: Can we explain how significant this is?
364
918000
2000
Craig Venter: Bunun ne kadar önemli olduğunu açıklayabilir miyiz?
15:35
I'm not sure we're the ones that should be explaining how significant it is.
365
920000
3000
Bunun ne kadar önemli olduğunu açıklayacak kişiler biz miyiz bilmiyorum.
15:38
It's significant to us.
366
923000
2000
Bu bizim için çok önemli.
15:41
Perhaps it's a giant philosophical change
367
926000
3000
Belki de yaşama bakışımızı değiştirecek
15:44
in how we view life.
368
929000
2000
dev bir felsefi değişim.
15:46
We actually view it as a baby step in terms of,
369
931000
3000
Bunu bir bakıma bebek adımı olarak görüyoruz,
15:49
it's taken us 15 years to be able
370
934000
2000
çünkü 15 yıl önce yapmayı istediğimiz
15:51
to do the experiment
371
936000
2000
yaşamı temel biçiminde
15:53
we wanted to do 15 years ago
372
938000
2000
anlayabileceğimiz bu deneyi yapmamız
15:55
on understanding life at its basic level.
373
940000
3000
15 yılımızı aldı.
15:58
But we actually believe
374
943000
2000
Ama gerçekten inanıyoruz ki
16:00
this is going to be a very powerful set of tools
375
945000
3000
bunlar, bu konuda bir hayli güçlü araçlar olacak.
16:04
and we're already starting
376
949000
2000
Ve bu araçları
16:06
in numerous avenues
377
951000
2000
başka alanlarda kullanmaya
16:08
to use this tool.
378
953000
2000
şimdiden başladık.
16:10
We have, at the Institute,
379
955000
2000
Şimdi enstitüde
16:12
ongoing funding now from NIH
380
957000
3000
NIH'nin (Ulusal Sağlık Enstitüsü) sponsorluğunda
16:15
in a program with Novartis
381
960000
2000
Novartis'le birlikte yaptığımız bir programda
16:17
to try and use these new
382
962000
2000
bu sentetik DNA araçlarını kullanarak
16:19
synthetic DNA tools
383
964000
2000
belki de önümüzdeki yıl kullanabileceğiniz
16:21
to perhaps make the flu vaccine
384
966000
3000
grip aşılarını
16:24
that you might get next year.
385
969000
3000
yapmaya çalışıyoruz.
16:27
Because instead of taking weeks to months to make these,
386
972000
3000
Bunların yapımının haftalar ya da aylar sürmesindense
16:30
Dan's team can now make these
387
975000
3000
Dan'in takımı şimdi bunları
16:33
in less than 24 hours.
388
978000
3000
24 saatten kısa sürede yapabiliyor.
16:36
So when you see how long it took to get an H1N1 vaccine out,
389
981000
3000
H1N1 aşısının çıkmasının ne kadar uzun sürdüğünü düşündüğünüzde
16:39
we think we can shorten that process
390
984000
2000
bu süreci bir hayli
16:41
quite substantially.
391
986000
2000
kısaltabileceğimizi düşünüyoruz.
16:43
In the vaccine area,
392
988000
2000
Aşı alanında,
16:45
Synthetic Genomics and the Institute
393
990000
2000
Synthetic Genomics ve enstitü
16:47
are forming a new vaccine company
394
992000
2000
yeni bir aşı şirketi kuruyor,
16:49
because we think these tools can affect vaccines
395
994000
3000
çünkü şimdiye kadar hedefleyemediğimiz
16:52
to diseases that haven't been possible to date,
396
997000
3000
rhinovirüs gibi virüslerin hızla evrimleştiği
16:55
things where the viruses rapidly evolve,
397
1000000
3000
hastalıklara aşı
16:58
such with rhinovirus.
398
1003000
2000
bulabileceğimizi düşünüyoruz.
17:00
Wouldn't it be nice to have something that actually blocked common colds?
399
1005000
3000
Sık görülen nezleleri durduran birşeyimiz olsa fena mı olurdu?
17:03
Or, more importantly, HIV,
400
1008000
3000
Ya da daha önemlisi HIV,
17:06
where the virus evolves so quickly
401
1011000
2000
bu hastalıkta virüs o kadar hızlı evrimleşiyor ki
17:08
the vaccines that are made today
402
1013000
2000
şimdiye kadar geliştiren aşılar
17:10
can't keep up
403
1015000
2000
bu evrimsel değişimin hızına
17:12
with those evolutionary changes.
404
1017000
3000
ayak uyduramıyorlar.
17:15
Also, at Synthetic Genomics,
405
1020000
2000
Synthetic Genomics'de ayrıca
17:17
we've been working
406
1022000
2000
önemli çevresel sorunlarla da
17:19
on major environmental issues.
407
1024000
2000
uğraşıyoruz.
17:21
I think this latest oil spill in the Gulf
408
1026000
2000
Bence Meksika körfezindeki petrol akıntısı
17:23
is a reminder.
409
1028000
2000
bunu hatırlamamız için bir işaret.
17:25
We can't see CO2 --
410
1030000
2000
Karbondioksiti göremiyoruz
17:27
we depend on scientific measurements for it
411
1032000
2000
onun için bilimsel ölçümlere gerek duyuyoruz
17:29
and we see the beginning results
412
1034000
2000
ve şimdi ondan çok olmasının
17:31
of having too much of it --
413
1036000
2000
sonuçlarını görmeye başladık.
17:33
but we can see pre-CO2 now
414
1038000
2000
Eski zamanlardan kalma karbondioksitin
17:35
floating on the waters
415
1040000
2000
şimdi suların üzerinde yüzüp
17:37
and contaminating the beaches in the Gulf.
416
1042000
3000
Meksika Körfezi'ndeki kumsalları kirlettiğini görüyoruz.
17:40
We need some alternatives
417
1045000
3000
Petrolün alternatiflerine
17:43
for oil.
418
1048000
2000
ihtiyacımız var.
17:45
We have a program with Exxon Mobile
419
1050000
2000
Exxon Mobile'la birlikte yürüttüğümüz bir programda
17:47
to try and develop new strains of algae
420
1052000
3000
atmosferdeki karbondiksiti kullanarak
17:50
that can efficiently capture carbon dioxide
421
1055000
3000
ya da karbondioksitin yoğun biçimde bulunduğu kaynaklardan
17:53
from the atmosphere or from concentrated sources,
422
1058000
3000
onların rafinelerine gönderip
17:56
make new hydrocarbons that can go into their refineries
423
1061000
3000
benzin ya da dizel yakıt
17:59
to make normal gasoline
424
1064000
2000
üretebilecek yeni yosun çeşitleri
18:01
and diesel fuel out of CO2.
425
1066000
2000
yaratmaya çalışıyoruz.
18:03
Those are just a couple of the approaches
426
1068000
2000
Bunlar bizim yöneldiğimiz
18:05
and directions that we're taking.
427
1070000
3000
alanlardan birkaçı.
18:08
(Applause)
428
1073000
3000
(Alkışlar)
ABOUT THE SPEAKER
Craig Venter - Biologist, genetics pioneerIn 2001, Craig Venter made headlines for sequencing the human genome. In 2003, he started mapping the ocean's biodiversity. And now he's created the first synthetic lifeforms -- microorganisms that can produce alternative fuels.
Why you should listen
Craig Venter, the man who led the private effort to sequence the human genome, is hard at work now on even more potentially world-changing projects.
First, there's his mission aboard the Sorcerer II, a 92-foot yacht, which, in 2006, finished its voyage around the globe to sample, catalouge and decode the genes of the ocean's unknown microorganisms. Quite a task, when you consider that there are tens of millions of microbes in a single drop of sea water. Then there's the J. Craig Venter Institute, a nonprofit dedicated to researching genomics and exploring its societal implications.
In 2005, Venter founded Synthetic Genomics, a private company with a provocative mission: to engineer new life forms. Its goal is to design, synthesize and assemble synthetic microorganisms that will produce alternative fuels, such as ethanol or hydrogen. He was on Time magzine's 2007 list of the 100 Most Influential People in the World.
In early 2008, scientists at the J. Craig Venter Institute announced that they had manufactured the entire genome of a bacterium by painstakingly stitching together its chemical components. By sequencing a genome, scientists can begin to custom-design bootable organisms, creating biological robots that can produce from scratch chemicals humans can use, such as biofuel. And in 2010, they announced, they had created "synthetic life" -- DNA created digitally, inserted into a living bacterium, and remaining alive.
Craig Venter | Speaker | TED.com