Riccardo Sabatini: How to read the genome and build a human being
Рикардо Сабатини: Как да разчетем генома и да направим човешко същество
Riccardo Sabatini applies his expertise in numerical modeling and data to projects ranging from material science to computational genomics and food market predictions. Full bio
Double-click the English transcript below to play the video.
I'm going to take you on a journey
ще ви отведа на приключение,
the biggest dream of humanity:
най-голямата мечта на човечеството:
many, many years ago
преди много, много години,
raw material, some energy,
that was not there before.
който не е бил налице преди.
прибирах се към дома ми
I was coming back home
always knew a 3D printer.
винаги съм познавал един 3D принтер.
my father and my mom in this case,
между баща ми и майка ми;
in the same media, that is food,
среда - това е храната,
discovering that she was a 3D printer,
когато откри, че е 3D принтер,
by that piece,
от този елемент,
at the beginning
as a gigantic Lego piece.
с гигантско Лего блокче.
blocks are little atoms
елементи са малки атоми
a carbon here, a nitrogen here.
тук – въглерод, тук – азот.
that compose a human being,
на атомите, съставящи човека,
quite an astonishing number.
drive to assemble a little baby,
за да сглобя малко бебе,
of thumb drives --
a pregnant lady,
щом видите бременна жена,
amount of information
количество информация,
забравете за всичко, което сте чували.
anything you heard of.
of information that exists.
количество информация.
than a young physicist,
е много по-умна от млад физик
to pack this information
е успяла да побере тази информация
when Rosalind Franklin,
когато Розалинд Франклин,
to finally poke inside a human cell,
най-после да влезем в човешката клетка,
за първи път.
a fairly simple alphabet,
you need three billion of them.
ви трябват три милиарда от тях.
any sense as a number, right?
I could explain myself better
I'm going to have some help,
introduce the code
да ми помогне да представя кода
to sequence it, Dr. Craig Venter.
го е секвенирал – д-р Крег Вентър.
на сцената д-р Крег Вентър.
буква по буква
from the United States to Canada
Lulu.com, a start-up, did everything.
Lulu.com, те направиха всичко това.
of what is the code of life.
какво е кодът на живота.
I can do something fun.
да направя нещо забавно.
book ... like this one.
една интересна книга... като тази тук.
it's a fairly big book.
сравнително голяма книга е.
what is the code of life.
the color of the eyes to Craig.
цвета на очите на Крег.
more complicated.
two letters in this position --
само две букви на това място,
to a terrible disease:
we don't know how to solve it,
как да се справим с нея,
of difference from what we are.
е само две букви.
me, me and you, you --
прави мен мен и вас – вас,
is the miracle of life that you are.
чудото на живота, което сте.
when we think that we are different.
когато си мислим, че сме различни.
at assembling Swedish furniture,
в сглобяването на шведски мебели,
is nothing you can crack in your life.
можете да разберете през живота си.
двама известни ТЕDстъри,
we can learn from these books,
което можем от тези книги
of personalized medicine,
за персонализирана медицина,
should be done to have better health
да се направи, за да сме по-здрави
and many, many more people,
и още много, много хора,
called machine learning.
наречена машинно самообучение.
thousands of them.
геноми, хиляди от тях.
the biggest database of human beings:
база данни от човешки същества:
everything you can think of.
всичко, за което можете да се сетите.
and we train a machine --
many, many machines --
а много, много машини,
the genome in a phenotype.
и преведем генома във фенотип.
and what do they do?
be used for everything,
да се използва за всичко,
is particularly complicated.
е особено сложно.
да си поставяме други предизвикателства.
to build different challenges.
from common traits.
because they are common,
и да предвидим височината ви?
and predict your height?
сравнително свързан с начина ви на живот,
eight kilograms of precision.
с точност до 8 килограма.
възрастта ви?
the code changes during your life.
се променя през живота ви.
it gets insertions.
получавате допълнения.
among millions of these letters.
сред милиони от тези букви.
a very well-defined object.
много добре дефиниран обект,
специален алгоритъм,
a machine what a face is,
на машина какво е лице,
with machine learning,
предизвикателство беше това.
we read the first sequence --
след като прочетохме първата секвенция,
to see some signals.
да виждаме някои сигнали.
coming in our lab.
който дойде в лабораторията ни.
we reduce the complexity,
намаляваме сложността му,
and asymmetries come from your life.
и асиметриите идват от живота ви.
and we run our algorithm.
и пускаме алгоритъма си.
които сега ви показвам,
from the blood.
което получаваме от кръвта.
left and right, left and right,
вляво и вдясно, вляво и вдясно
those pictures to be identical.
тези картини да са идентични.
another exercise, to be honest.
друго упражнение.
comes from gender,
the ethnicity component of a human.
маса, етническия компонент на човек.
is much more complicated.
е много по-сложно.
even in the differences,
дори и в разликите,
that we are in the right ballpark,
that comes in place,
the complete cranial structure,
цялата черепна структура,
дойде в лабораторията ни,
in the training of the machine.
по време на обучаването на машината.
probably never believe.
никога няма да повярвате.
in a scientific publication,
в научна публикация,
Chris challenged me.
Крис ме предизвика.
and tried to predict
се опитах да предвидя някого,
and believe me, you have no idea
и повярвайте ми, нямате идея
this blood now, here --
за да имаме тази кръв сега, тук,
of biological information
е количеството биологична информация,
за пълна геномна секвенция.
and I'm going to do it with you.
и сега ще го направя с вас.
all the understanding we have.
всичкото знание, което имаме.
we predicted he's a male.
предсказахме, че е мъж.
the subject is 82.
субектът е 82 кг.
and peculiar ethnicity.
те никога не се вписват в модели.
they never fit in models.
страничен случай за нашия модел.
is a complex corner case for our model.
a lot to recognize people
за да разпознаем хора,
това, как изглеждам.
but my beard cut.
in this case, transfer it --
than Photoshop, no modeling --
от Фотошоп, никакви модели:
much, much better in the feeling.
много, много по-добре.
for predicting height
out of your blood.
красива снимка на кръвта ви.
and the same approach,
технология и същият подход -
researchers around the world.
from a statistical approach
от статистически подход,
of exactly how you are.
complicated challenge,
сложно предизвикателство,
към днешна дата
in the world on this topic.
работят по темата.
be confronted with decisions
изправяни пред решения,
не ни се е налагало да взимаме:
на това как работи животът.
inner detail on how life works.
that cannot be confined
не може да бъде ограничена
we're building as a humanity.
бъдещето, което градим като човечество.
with artists, with philosophers,
с хора на изкуството, с философи,
that we make in the next year
през следващата година,
ABOUT THE SPEAKER
Riccardo Sabatini - Scientist, entrepreneurRiccardo Sabatini applies his expertise in numerical modeling and data to projects ranging from material science to computational genomics and food market predictions.
Why you should listen
Data scientist Riccardo Sabatini harnesses numerical methods for a surprising variety of fields, from material science research to the study of food commodities (as a past director of the EU research project FoodCAST). His most recent research centers on computational genomics and how to crack the code of life.
In addition to his data research, Sabatini is deeply involved in education for entrepreneurs. He is the founder and co-director of the Quantum ESPRESSO Foundation, an advisor in several data-driven startups, and funder of The HUB Trieste, a social impact accelerator.
Riccardo Sabatini | Speaker | TED.com