Riccardo Sabatini: How to read the genome and build a human being
Riccardo Sabatini: Hogyan olvassuk a genomot, és hogyan alkossunk meg egy emberi lényt?
Riccardo Sabatini applies his expertise in numerical modeling and data to projects ranging from material science to computational genomics and food market predictions. Full bio
Double-click the English transcript below to play the video.
I'm going to take you on a journey
utazásra hívom önöket,
the biggest dream of humanity:
many, many years ago
raw material, some energy,
némi nyersanyag és némi energia,
that was not there before.
elő tud állítani.
I was coming back home
always knew a 3D printer.
ismertem egy 3D-nyomtatót.
my father and my mom in this case,
a papám és őközötte,
in the same media, that is food,
a közegben, amelyet ételnek hívunk,
discovering that she was a 3D printer,
hogy a mamám egy 3D-nyomtató,
by that piece,
at the beginning
as a gigantic Lego piece.
egy óriási Legónak tekintettem.
blocks are little atoms
piciny atomoknak,
a carbon here, a nitrogen here.
itt a nitrogén.
that compose a human being,
az embert alkotó atomok számát,
quite an astonishing number.
drive to assemble a little baby,
összeállításához rögzítenem kell,
of thumb drives --
amennyi megtöltene
a pregnant lady,
tudjanak róla,
amount of information
annyi információt rak össze,
anything you heard of.
és amit róla hallottak.
of information that exists.
than a young physicist,
okosabb az ifjú fizikusnál,
to pack this information
az infót becsomagolnia
when Rosalind Franklin,
amikor Rosalind Franklin,
to finally poke inside a human cell,
amíg végre rábökhettünk az emberi sejtre,
és elolvashattuk e kristályt.
a fairly simple alphabet,
you need three billion of them.
3 milliárdnyira van szükségünk.
any sense as a number, right?
I could explain myself better
hogyan tudnám megértetni,
I'm going to have some help,
introduce the code
hogy bemutassa a kódot,
to sequence it, Dr. Craig Venter.
Dr. Craig Venter.
van kinyomtatva:
from the United States to Canada
Kanadába szállítottak
Lulu.com, a start-up, did everything.
köszönhetően, ő csinált mindent.
of what is the code of life.
ez itt az élet kódja.
I can do something fun.
mutatok valami furcsát.
book ... like this one.
it's a fairly big book.
hogy ez elég nagy könyv.
what is the code of life.
mi az élet kódja.
the color of the eyes to Craig.
Craig szemének a színét.
more complicated.
two letters in this position --
hiányzik erről a helyről,
to a terrible disease:
we don't know how to solve it,
of difference from what we are.
valami igazán érdekeset.
me, me and you, you --
hogy azzá legyünk, akik vagyunk:
is the miracle of life that you are.
when we think that we are different.
amikor a különbözőségünkről esik szó.
at assembling Swedish furniture,
svéd bútorok összeszerelésében,
is nothing you can crack in your life.
sem tudnák feltörni.
we can learn from these books,
amit ezekből a könyvekből lehet –
of personalized medicine,
álmának megvalósításáért,
should be done to have better health
egészségünk javítása érdekében,
and many, many more people,
és még sokan mások,
called machine learning.
technológiáját fogjuk használni.
thousands of them.
the biggest database of human beings:
adatbázisát gyűjtöttük össze:
everything you can think of.
magrezonanciát, bármi elképzelhetőt.
and we train a machine --
many, many machines --
the genome in a phenotype.
a fenotípusban lévő genomot.
and what do they do?
be used for everything,
alkalmazhatjuk,
is particularly complicated.
elég bonyolult.
to build different challenges.
és más feladatba is bele akartunk fogni.
from common traits.
because they are common,
az a jó, hogy közösek,
and predict your height?
az életmódunktól,
eight kilograms of precision.
mégis megjósolható.
the code changes during your life.
életünk során változik.
it gets insertions.
betoldásokkal bővül.
among millions of these letters.
eloszlanak a milliónyi betű közt.
a very well-defined object.
meghatározott tárgy.
a machine what a face is,
és megtanítsuk a gépnek,
with machine learning,
a gépi tanulás,
mekkora feladat ez.
we read the first sequence --
hogy elolvastuk az első szekvenciát,
to see some signals.
coming in our lab.
we reduce the complexity,
and asymmetries come from your life.
aszimmetriája adódik az életéből.
and we run our algorithm.
futtatjuk az algoritmusunkat.
from the blood.
left and right, left and right,
összevetik a bal és a jobb oldalt,
those pictures to be identical.
hogy a képek egyezzenek meg.
another exercise, to be honest.
egy másik gyakorlatot.
comes from gender,
the ethnicity component of a human.
indexéből és etnikumából.
is much more complicated.
even in the differences,
that we are in the right ballpark,
that comes in place,
the complete cranial structure,
ugyan a teljes koponyaszerkezetig,
in the training of the machine.
ők soha nem szerepeltek.
probably never believe.
soha nem hinnének.
in a scientific publication,
teszünk közzé,
Chris challenged me.
Chris folyton cikiz,
and tried to predict
mert olyanokról adok közre jóslatot,
and believe me, you have no idea
– higgyék el, fogalmuk sincs,
this blood now, here --
eljuttathassuk ide –,
of biological information
biológiai információ van,
and I'm going to do it with you.
és most önökkel együtt fogom csinálni.
all the understanding we have.
we predicted he's a male.
azt jósoltuk, hogy férfiről van szó.
the subject is 82.
az alany 82 kilós.
and peculiar ethnicity.
they never fit in models.
mi soha nem illünk a modellekbe.
is a complex corner case for our model.
a modellünk komplex határesete.
a lot to recognize people
gyakran használt egyik tényező
hogy hogyan nézzünk ki.
but my beard cut.
hanem a szakállviseletem.
in this case, transfer it --
than Photoshop, no modeling --
a Photoshopot használom,
much, much better in the feeling.
for predicting height
a testmagasságot,
out of your blood.
gyönyörű fotóvá alakítsuk.
and the same approach,
e technológia,
researchers around the world.
from a statistical approach
a statisztikai módszertől,
of exactly how you are.
complicated challenge,
in the world on this topic.
foglalkoznak ezzel.
be confronted with decisions
döntésekre kényszerülünk,
inner detail on how life works.
legbelső bugyrait érintjük.
that cannot be confined
párbeszédet kell folytatnunk.
we're building as a humanity.
amelyet mint emberiség építünk.
with artists, with philosophers,
művészekkel, filozófusokkal,
that we make in the next year
a történelem irányát.
ABOUT THE SPEAKER
Riccardo Sabatini - Scientist, entrepreneurRiccardo Sabatini applies his expertise in numerical modeling and data to projects ranging from material science to computational genomics and food market predictions.
Why you should listen
Data scientist Riccardo Sabatini harnesses numerical methods for a surprising variety of fields, from material science research to the study of food commodities (as a past director of the EU research project FoodCAST). His most recent research centers on computational genomics and how to crack the code of life.
In addition to his data research, Sabatini is deeply involved in education for entrepreneurs. He is the founder and co-director of the Quantum ESPRESSO Foundation, an advisor in several data-driven startups, and funder of The HUB Trieste, a social impact accelerator.
Riccardo Sabatini | Speaker | TED.com