Dan Knights: How we study the microbes living in your gut
Dan Knights: Comment nous étudions les microbes qui vivent dans votre estomac
Dan Knights develops computational methods for doing precision medicine with gut bacterial communities, or microbiomes, and he applies those methods to study human disease. Full bio
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that's living in your gut,
vivant dans votre intestin,
probablement E. coli.
C'est le microbe intestinal le plus connu.
It's the best-known of the gut microbes.
est surpassée dans votre intestin
is outnumbered in your gut
sûrement pas entendu parler.
you probably haven't heard of.
Prevotella is another example.
Prevotella en est un autre exemple.
the modern human gut.
dans l'intestin humain normal.
microbes living inside you.
de milliards de microbes vivant en vous.
living inside you --
if you took a blade of grass
que si vous preniez un brin d'herbe
vivant dans vos intestins,
living in your gut,
de terrains de football.
à la vie dans la société moderne,
to life in modern society,
de nos microbes normaux,
de maladies liées à l'intestin
related to the gut
in developed nations all around the world.
dans les pays développés autour du monde.
sûrement quelqu'un souffrant d'obésité,
someone who suffers from obesity,
ou de colite ulcéreuse,
or ulcerative colitis,
au métabolisme et à l'auto-immunité
and autoimmunity
d'une diversité saine dans l'intestin.
of healthy diversity in the gut.
une première indication
non-human primates.
des primates non humains.
to a monkey's microbiome
au microbiote des singes
de la jungle à un zoo.
Ont-ils de nouveaux microbes ?
Do they pick up new bugs?
Does it get better or worse?
Ça s'améliore ou ça empire ?
species in the jungle,
différentes dans la jungle,
the DNA from their stool.
l'ADN de leurs excréments.
in my research lab.
manière dans mon laboratoire de recherche.
is that in the wild,
est que, dans la nature,
de microbes totalement différents.
totally different sets of microbes.
pour les espèces.
most of that diversity
la plupart de cette diversité
groupes de microbes.
some other set of microbes.
microbiotes différents.
tropicale luxuriante
tropical rainforest
that we're talking about.
dont nous parlons.
ils ont perdu de la diversité.
qui a été totalement brûlée
that's been burned to the ground
espèces envahissantes.
d'un primate captif.
in a captive primate.
are not doing so well.
ne vont pas très bien.
de ballonnements,
étaient vraiment très mal en point.
holding onto their lives.
very interested to find out
that are taking over in the zoo.
qui prennent le pouvoir dans le zoo.
and what the DNA told us
et ce que l'ADN nous a dit
Bacteroides et Prevotella,
by Bacteroides and Prevotella,
in our guts as modern humans.
dans nos intestins d'humains modernes.
de visualiser cela,
de l'écologie multivariée
from multivariate ecology
we were studying onto an axis.
que nous étudions sur un axe.
is a distance plot
est un graphique de distance
is a different animal's microbiome.
le microbiote d'un animal différent.
a whole zoo of microbes.
un zoo entier de microbes.
beaucoup de microbes en commun
that have a lot of microbes in common
are farther apart.
sont éloignés.
sont ici sur la gauche.
are over on the left.
highly endangered monkeys
en voie de disparition,
are monkeys from Costa Rica.
les singes du Costa Rica.
totally different microbiomes in the wild.
des microbiotes naturels différents.
dans le zoo convergent,
of monkey in the zoo are converging,
much more similar to each other,
sur des continents différents,
on different continents,
et qu'ils ont des régimes différents.
and they're eating different diets.
some other species of primate.
d'autres espèces de primates.
do you think is even more divergent
est encore plus divergente
than the captive primates?
que les primates en captivité ?
dans les pays en cours de développement.
living in developing nations.
from the wild primates
des primates sauvages
avons étudié, tout à droite,
all the way on the right,
on the back of my neck,
sur ma nuque,
« Oh, c'est intéressant,
"Oh, that's interesting,
to becoming like Americans."
devenir comme les Américains. »
sont comme des singes captifs.
are like super-captive monkeys.
sur l'écran de mon ordinateur
at this figure on my computer screen
that four of the red-shanked doucs
de problèmes intestinaux.
living inside them
to the human part of the story.
à la partie humaine de l'histoire.
as frequently as in the zoo,
aussi souvent que dans les zoos,
of obesity, diabetes,
d'obésité, de diabète,
who have been living in the USA
aux gens qui vivent aux États-Unis
and refugee groups,
en bonne santé métabolique,
d'être obèses ou diabétiques
for obesity and diabetes
this issue with two groups
de ce problème avec deux groupes
depuis l'Asie du Sud-Est :
from Southeast Asia:
in the mid-1970s
à arriver au milieu des années 70
et de la guerre secrète au Laos,
and the US secret war in Laos;
more recently as refugees from Myanmar.
comme réfugiés du Myanmar.
et des médecins
communities and clinicians
to the Hmong and Karen microbiomes
des Hmong et des Karen
et des villages en Thaïlande
and villages in Thailand to the USA.
de ces groupes viennent aux États-Unis,
come to the USA from these groups,
of their microbiome,
de leur microbiote,
and become obese
et deviennent obèses
un tiers de leurs microbes.
a dramatic change in your microbiome,
dramatique dans le microbiote
n'est sûrement pas positif.
actually causing the obesity,
causent vraiment l'obésité,
les changements des microbes ?
a change in the microbes?
that we're following up on,
à présent dans mon laboratoire,
de nombreux laboratoires autour du monde,
from a number of labs around the world
dans le microbiote
in the microbiome
du monde occidental.
kind of Westernized diseases.
your microbiome can actually change.
votre microbiote peut changer.
de nombreuses recherches
of research happening right now
how we can restore our microbiomes
restaurer notre microbiote
from healthy people around the world
de personnes en bonne santé dans le monde
as cultural assets for those groups
atout culturel pour ces groupes
as they adapt to modern society,
lorsqu'ils s'adaptent à la vie moderne
to have increased risk of these diseases
vers un risque plus élevé de ces maladies
dont nous avons besoin
to restore and replenish our microbiomes,
nos microbiotes.
will live happier and healthier lives,
heureuse et seront en meilleure santé,
ABOUT THE SPEAKER
Dan Knights - Computational microbiologistDan Knights develops computational methods for doing precision medicine with gut bacterial communities, or microbiomes, and he applies those methods to study human disease.
Why you should listen
Trillions of bacteria live in our guts, protecting us from infection and aiding our digestion, yet these communities are so complex that we need advanced computational methods to study them. In his multidisciplinary research lab, Dan Knights combines expertise in data mining and biology to learn about how modern lifestyles and medical practices are affecting our microbiomes and leading to increases in modern diseases.
Knights received his PhD in computer science from the University of Colorado, followed by a post-doctoral fellowship at Harvard Medical School. He has co-authored more than 70 highly cited articles in top multidisciplinary journals. In 2015 he was named a McKnight Land-Grant Professor by the University of Minnesota. His lab is building a next-generation informatics pipeline for microbiome-targeted drug discovery, linking nutrition and microbial activity to clinical outcomes.
Dan Knights | Speaker | TED.com