Dan Knights: How we study the microbes living in your gut
دان نایتز: چۆن توێژینەوە لەسەر ئەو میکرۆبانە دەکەین کە لە کۆئەندامی هەرستدا دەژین
Dan Knights develops computational methods for doing precision medicine with gut bacterial communities, or microbiomes, and he applies those methods to study human disease. Full bio
Double-click the English transcript below to play the video.
that's living in your gut,
کە لە ڕێخۆڵەتدا دەژیت،
It's the best-known of the gut microbes.
باشترین میکرۆبی ناسراوی ڕیخۆڵەیە
is outnumbered in your gut
زیاترە لە ژمارەی ئیکۆلای
you probably haven't heard of.
Prevotella is another example.
بەکتریایی پریڤۆتێلا نموونەیەکی ترە
the modern human gut.
مرۆڤی مۆدێرنیان داگیرکردووە.
microbes living inside you.
living inside you --
لە لەشتدا دەژی --
if you took a blade of grass
ئەگەر چڵە گیایەکت وەرگرتبێت
living in your gut,
کە لەڕیخۆڵەتدا دەژی،
یاریگای تۆپێن پڕ بکاتەوە.
to life in modern society,
لەگەڵ ژیان لە کۆمەڵگەی مۆدێرندا،
لە دەست دەدەین،
پەیوەست بە کۆئەندامی هەرسەوە
related to the gut
in developed nations all around the world.
سەرانسەری جیهان لە هەڵکشاندایە.
someone who suffers from obesity,
کە کەسێک توش بە قەڵەوی دەبێت،
or ulcerative colitis,
هەوکردنی درێژخایەنی ڕیخۆڵە،
and autoimmunity
و سیستەمی بەرگری لەش
of healthy diversity in the gut.
دروستی ڕیخۆڵەوە هەیە.
جۆرەمان دەست نیشان کرد
non-human primates.
جۆرەکانی ئاژەڵی مەیمون دەکرد.
ژینگەی میکرۆبی نێو مەیمونەکان هاتووە
to a monkey's microbiome
بۆ باخچەی ئاژەڵان دەگوازرێنەوە.
ئەوان مشەخۆری تازە هەڵدەگرن؟
Do they pick up new bugs?
Does it get better or worse?
میکرۆبی باش یان خراپ وەردەگرن؟
species in the jungle,
جیاوازمان کرد،
ترشە ناوکییەکانمان بۆ ئەنجام دان
the DNA from their stool.
in my research lab.
ژینگەی میکرۆب دەکەین
ئاژەڵانەی کە لە جەنگەڵ دەژین،
is that in the wild,
تەواو جیاوازیان هەبوو.
totally different sets of microbes.
وەکو پەنجەمۆر وایە.
most of that diversity
لەم هەمەجۆرییان لە دەستداوە.
some other set of microbes.
میکرۆبەمان دەستکەوت
tropical rainforest
هێڵی کەمەرەیی بهێنە بەرچاو،
کە ئێمە باسی دەکەین.
that we're talking about.
هەمەچشنییەکەیان لە دەست داوە.
that's been burned to the ground
کە سوتێنراوەو تەختی زەوی کراوە.
میکرۆبی زیان بەخشی تێدا ماوە.
مەیمونێکی دەستبەسەر دەچێت.
in a captive primate.
باش نییە لە باخچەی ئاژەڵاندا
are not doing so well.
کۆبونەوەی غازات
ژیان بەسەر دەبەن.
holding onto their lives.
very interested to find out
زۆر پەرۆش بووین بۆئەوەی بزانین
that are taking over in the zoo.
که باخچەی ئاژەڵانیان داگیرکردووە.
و ترشەناوکییەکان پێیان گوتین:
and what the DNA told us
میکرۆبی پریڤۆتێلا داگیرکراوە،
by Bacteroides and Prevotella,
لە گەدەماندا وەکو مرۆڤی مۆدێرن هەمانە .
in our guts as modern humans.
نیشاندانی ئەمە
from multivariate ecology
جیاوازەکانی تاقیگەی ژینگەزانی
تەوەرەیەک کە لێکۆڵینەوەمان لەسەریان دەکرد.
we were studying onto an axis.
نەخشەی دوورییە
is a distance plot
is a different animal's microbiome.
جیاوازی ئاژەڵێکە.
a whole zoo of microbes.
باخچەیەکی ئاژەڵان نیشان دەدات.
کە هاوبەشن لەم ژینگە میکرۆبییەکانەدا.
that have a lot of microbes in common
ئەوە لێیانەوە دوورە
are farther apart.
لەسەرەوەی لەلای چەپن.
are over on the left.
highly endangered monkeys
مەیمونانەن کە خەریکە لە ناو دەچن..
مەیموونەکانی کۆستاریکان.
are monkeys from Costa Rica.
میکرۆبەکان لە سروشتدا ببینیت ؟.
totally different microbiomes in the wild.
باخچەی ئاژەڵان لێک نزیکن،
of monkey in the zoo are converging,
میکرۆبەکانیان دەگۆڕێت
much more similar to each other,
on different continents,
ئاژەڵانە لە کیشوەری جیاوازن،
and they're eating different diets.
خواردنی جیاوازیش دەخۆن.
جۆرێکی تری جیاوازی مەیمونەکان کرد
some other species of primate.
do you think is even more divergent
زۆر لە گواندارە کێوی و دیل کراوەکان
میکرۆبەکان زۆر جیاوازە؟
than the captive primates?
لە ووڵاتە دواکەوتووەکاندا دەژین.
living in developing nations.
from the wild primates
کێوییەکاندا زۆر جیاواز بوون
لە باخچەی ئاژەڵاندان
لە سەری کرد، ئەوەی لە لای ڕاستدایە،
all the way on the right,
یەکگرتووەکانی ئەمریکا دەژین.
on the back of my neck,
لەمە، "ئۆو" جێی بایەخە
"Oh, that's interesting,
وەک ئەمریکییەکانیان لێبێت".
to becoming like Americans."
لە مەیمونی گەشەسەندوی نێو قەفەز دەچن.
are like super-captive monkeys.
وێنەیەم لەسەر شاشەی کۆمپیوتەرەکەم دەکرد
at this figure on my computer screen
کەوا چوار لە مەیمونە ڕان سورەکان
that four of the red-shanked doucs
پەیوەندیدار بە کۆئەندامی هەرسەوە مردوون.
کە لە ناو لەشییاندا بژی
living inside them
بۆ دۆخی مرۆڤ دەچێت.
to the human part of the story.
ولایەتە یەکگرتووەکانی ئەمریکا
دەبێتەوە، نابێتە هۆی مردنی پێش وەختە،
as frequently as in the zoo,
قەڵەوی، شکرە و ژمارەیەک
of obesity, diabetes,
who have been living in the USA
بۆ چەند پشتێک لە ئەمریکا ژیاون
and refugee groups,
پەنابەرەکان
کە دەگەنە ئەمریکا ڕاستە،
ساڵێکی کەمدا،
بە شەکرە و قەڵەوبوون دەبنەوە
for obesity and diabetes
this issue with two groups
ئەم کێشەیە لەگەڵ دوو گروپ کرد
بۆ ئەمریکا هاتبوون:
from Southeast Asia:
هاتبوون
in the mid-1970s
و جەنگی نهێنی ئەمریکا لە لەۆس:
and the US secret war in Laos;
more recently as refugees from Myanmar.
وەکو پەنابەری مایەنمار بۆ ئەمریکا هاتبوون.
ساڵێکی کەم کارمان کرد
نێوخۆییانە و پزیشکەکان
communities and clinicians
to the Hmong and Karen microbiomes
میکرۆبیی همۆنگییەکان و کەیرینەکاندا
گوندەکانی تایلاندەوە دەهاتنە ئەمریکا.
and villages in Thailand to the USA.
لەم گروپانە بۆ ئەمریکا دێن،
come to the USA from these groups,
لە دەست دەدەن،
of their microbiome,
و توشی قەڵەوی بوون
and become obese
a dramatic change in your microbiome,
لە ژینگەی میکرۆبیی لەشتدا
actually causing the obesity,
دەبنە هۆی قەڵەوی
گۆڕانکاری لە میکرۆبەکاندا؟
a change in the microbes?
کە ئێمە بەدواداچوونی بۆ دەکەین
that we're following up on,
لەگەڵ بەڵگەی
سەرانسەری جیهاندا لێکدراوە
from a number of labs around the world
لە ژینگەی میکرۆبیدا
in the microbiome
جۆرێک لە نەخۆشی ڕۆژئاوایی.
kind of Westernized diseases.
your microbiome can actually change.
لەشت لەڕاستیدا دەتوانێت بگۆڕێت
لە ئیستادا ئەنجام دەدرێت
of research happening right now
کە چۆن ژینگەی میکرۆبی لەشمان بگێڕینەوە
how we can restore our microbiomes
خەڵکانی تەندروستە لە سەرانسەری جیهاندا
from healthy people around the world
وەکو سەرمایەی کەلتوری ئەو خەڵکانە
as cultural assets for those groups
کە خۆیان لە کۆمەڵگەی مۆدێرندا دەگونجێنن.
as they adapt to modern society,
زیادبوونی مەترسی ئەم نەخۆشییانە لەسەریان
to have increased risk of these diseases
و پڕکردنەوەی ژینگە میکرۆبییەکانمان هەبێت،
to restore and replenish our microbiomes,
ژیانێکی ئاسودەتر و تەندروستر دەژین و
will live happier and healthier lives,
ABOUT THE SPEAKER
Dan Knights - Computational microbiologistDan Knights develops computational methods for doing precision medicine with gut bacterial communities, or microbiomes, and he applies those methods to study human disease.
Why you should listen
Trillions of bacteria live in our guts, protecting us from infection and aiding our digestion, yet these communities are so complex that we need advanced computational methods to study them. In his multidisciplinary research lab, Dan Knights combines expertise in data mining and biology to learn about how modern lifestyles and medical practices are affecting our microbiomes and leading to increases in modern diseases.
Knights received his PhD in computer science from the University of Colorado, followed by a post-doctoral fellowship at Harvard Medical School. He has co-authored more than 70 highly cited articles in top multidisciplinary journals. In 2015 he was named a McKnight Land-Grant Professor by the University of Minnesota. His lab is building a next-generation informatics pipeline for microbiome-targeted drug discovery, linking nutrition and microbial activity to clinical outcomes.
Dan Knights | Speaker | TED.com