Dan Knights: How we study the microbes living in your gut
Дэн Найтс: Как мы изучаем микробов, живущих в вашем кишечнике
Dan Knights develops computational methods for doing precision medicine with gut bacterial communities, or microbiomes, and he applies those methods to study human disease. Full bio
Double-click the English transcript below to play the video.
that's living in your gut,
микроба, живущего у вас в кишках,
It's the best-known of the gut microbes.
самый известный кишечный микроб.
is outnumbered in your gut
есть масса других микробов,
превышающих E. coli,
you probably haven't heard of.
никогда не слышали.
Prevotella is another example.
the modern human gut.
современного человека.
microbes living inside you.
около сотни триллионов микробов.
living inside you --
if you took a blade of grass
что если бы вы посадили
living in your gut,
живущего в вашем кишечнике,
to life in modern society,
к жизни в современном обществе,
связанных с кишечником,
related to the gut
in developed nations all around the world.
в развитых странах по всему миру.
someone who suffers from obesity,
кого-то, кто страдает ожирением,
or ulcerative colitis,
или язвенным колитом,
and autoimmunity
с метаболизмом и аутоиммунностью,
of healthy diversity in the gut.
здорового разнообразия в кишечнике.
мы столкнулись с этим впервые,
non-human primates.
to a monkey's microbiome
с микробиомом обезьян,
Приобретают ли они новых микробов?
Do they pick up new bugs?
Does it get better or worse?
Им становится лучше или хуже?
species in the jungle,
разными видами из джунглей:
the DNA from their stool.
in my research lab.
в моей исследовательской лаборатории.
is that in the wild,
что в дикой природе
totally different sets of microbes.
разные наборы микробов,
most of that diversity
бо́льшую часть этого разнообразия
some other set of microbes.
tropical rainforest
пышный тропический лес,
that we're talking about.
это многообразие потеряли.
that's been burned to the ground
который был сожжён до тла
in a captive primate.
примата в неволе.
are not doing so well.
не совсем здоровы.
вздутием живота,
holding onto their lives.
very interested to find out
that are taking over in the zoo.
которые захватывают зоопарк.
and what the DNA told us
и ДНК нам поведала,
by Bacteroides and Prevotella,
in our guts as modern humans.
современные люди, имеем в кишечниках.
from multivariate ecology
из многомерной экологии,
we were studying onto an axis.
которые мы изучали, на ось.
is a distance plot
диаграмма рассеяния,
is a different animal's microbiome.
микробиом от разного животного.
a whole zoo of microbes.
целый зоопарк микробов.
that have a lot of microbes in common
схожих микробов,
are farther apart.
находятся дальше друг от друга.
are over on the left.
располагаются слева.
highly endangered monkeys
находятся под угрозой исчезновения,
тонкотелями во Вьетнаме.
are monkeys from Costa Rica.
totally different microbiomes in the wild.
у них совершенно разные микробиомы.
of monkey in the zoo are converging,
обезьян в зоопарке сходятся,
much more similar to each other,
более похожими друг на друга,
on different continents,
and they're eating different diets.
и у них разные диеты.
some other species of primate.
другие виды приматов.
do you think is even more divergent
чем приматы в неволе?
than the captive primates?
living in developing nations.
from the wild primates
отличались от диких приматов,
all the way on the right,
совсем справа —
on the back of my neck,
"Oh, that's interesting,
«Так, интересно,
to becoming like Americans."
похожими на американцев».
are like super-captive monkeys.
от обезьян в зоопарке.
at this figure on my computer screen
на экране своего компьютера,
that four of the red-shanked doucs
из немейских тонкотелей
living inside them
to the human part of the story.
к человеческой части истории.
as frequently as in the zoo,
так часто, как в зоопарке,
of obesity, diabetes,
ожирения, диабета,
who have been living in the USA
которые проживали в США
and refugee groups,
иммигрантов и беженцев
for obesity and diabetes
ожирения и диабета,
this issue with two groups
вопрос с двумя группами,
from Southeast Asia:
из Юго-Восточной Азии:
in the mid-1970s
хмонгские беженцы
and the US secret war in Laos;
и секретной войны США в Лаосе,
more recently as refugees from Myanmar.
более недавно из Мьянмы.
communities and clinicians
сообществами и медперсоналом,
to the Hmong and Karen microbiomes
с микробиомами хмонгов и каренов,
and villages in Thailand to the USA.
из лагерей беженцев и деревень в Таиланде.
come to the USA from these groups,
прибывают в США,
of their microbiome,
своего микробиома,
and become obese
и заболевают ожирением,
a dramatic change in your microbiome,
резкое изменение в вашем микробиоме,
actually causing the obesity,
вызывают ожирение
a change in the microbes?
that we're following up on,
сейчас в моей лаборатории
from a number of labs around the world
из ряда лабораторий по всему миру,
in the microbiome
что определённые изменения в микробиоме
kind of Westernized diseases.
современных западных заболеваний.
your microbiome can actually change.
ваш микробиом может измениться.
of research happening right now
широкий спектр исследований,
how we can restore our microbiomes
как мы можем восстановить наши микробиомы,
один из следующих шагов для нас —
from healthy people around the world
здоровых людей во всём мире,
as cultural assets for those groups
в качестве культурного наследия
as they adapt to modern society,
их адаптации в современном обществе
to have increased risk of these diseases
с увеличением риска этих заболеваний
в котором появятся инструменты,
to restore and replenish our microbiomes,
и пополнения наших микробиомов,
will live happier and healthier lives,
счастливее и здоровее,
ABOUT THE SPEAKER
Dan Knights - Computational microbiologistDan Knights develops computational methods for doing precision medicine with gut bacterial communities, or microbiomes, and he applies those methods to study human disease.
Why you should listen
Trillions of bacteria live in our guts, protecting us from infection and aiding our digestion, yet these communities are so complex that we need advanced computational methods to study them. In his multidisciplinary research lab, Dan Knights combines expertise in data mining and biology to learn about how modern lifestyles and medical practices are affecting our microbiomes and leading to increases in modern diseases.
Knights received his PhD in computer science from the University of Colorado, followed by a post-doctoral fellowship at Harvard Medical School. He has co-authored more than 70 highly cited articles in top multidisciplinary journals. In 2015 he was named a McKnight Land-Grant Professor by the University of Minnesota. His lab is building a next-generation informatics pipeline for microbiome-targeted drug discovery, linking nutrition and microbial activity to clinical outcomes.
Dan Knights | Speaker | TED.com