Riccardo Sabatini: How to read the genome and build a human being
リッカルド・サバティーニ: ゲノムを読んで人間を作る方法
Riccardo Sabatini applies his expertise in numerical modeling and data to projects ranging from material science to computational genomics and food market predictions. Full bio
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I'm going to take you on a journey
お連れします
the biggest dream of humanity:
理解するということです
何年も前
many, many years ago
出会ったときです
思いました
3つの要素を必要とします
raw material, some energy,
原料と エネルギーです
that was not there before.
何でも作れてしまうんです
家に帰ってきて
I was coming back home
always knew a 3D printer.
知っていたことに気付きました
取り込みます
my father and my mom in this case,
今の場合 父と母が提供します
in the same media, that is food,
食べ物から得ます
私が製造されます
私は存在しませんでした
discovering that she was a 3D printer,
母の衝撃はさておき
by that piece,
最初の要素である
必要なのか?
at the beginning
物理を勉強していたので
as a gigantic Lego piece.
近似してみました
blocks are little atoms
小さな原子です
a carbon here, a nitrogen here.
ここに窒素がある
that compose a human being,
すべて特定できれば
ことができます
quite an astonishing number.
収めようとしているファイル
drive to assemble a little baby,
原子のデータは
of thumb drives --
USBメモリの
a pregnant lady,
amount of information
出会うであろう
組み上げているのです
anything you heard of.
目じゃありません
of information that exists.
最大の情報なのです
than a young physicist,
この駆け出しの物理学者よりずっと賢く
to pack this information
この情報を
詰め込みました
when Rosalind Franklin,
1950年
ロザリンド・フランクリンが
to finally poke inside a human cell,
ヒトの細胞の中をつついて
40年以上かかりました
a fairly simple alphabet,
アルファベットで書かれています
you need three billion of them.
30億文字必要です
any sense as a number, right?
I could explain myself better
考えました
I'm going to have some help,
借りることにしました
introduce the code
手助けとして
ヴェンター以上の人はいないでしょう
to sequence it, Dr. Craig Venter.
クレイグ・ヴェンター博士です
本に印刷したものです
1文字1文字
from the United States to Canada
アメリカからカナダに運んできました
Lulu.com, a start-up, did everything.
すべてやってくれました
of what is the code of life.
視覚化したものです
ことができます
I can do something fun.
読むことができるんです
book ... like this one.
たとえばこれ
すごく大きな本なので
it's a fairly big book.
what is the code of life.
お見せしましょう
the color of the eyes to Craig.
指定しています
more complicated.
two letters in this position --
欠けただけで —
欠けているだけで
to a terrible disease:
運命付けられてしまいます
we don't know how to solve it,
わかっていません
of difference from what we are.
引き起こされるのです
教えてくれます
皆さんを皆さんたらしめているのは
me, me and you, you --
is the miracle of life that you are.
生命の奇跡を作り出し
when we think that we are different.
そのことを考えてみてください
いただけたと思うので
意味を取れるのか?
at assembling Swedish furniture,
得意だろうと
一生かかっても解読できないでしょう
is nothing you can crack in your life.
著名な2人のTED講演者
クレイグ・ヴェンターその人が
学べることをすべて学び
we can learn from these books,
何をしなければならないか
of personalized medicine,
should be done to have better health
様々な人の素晴らしいチームで
and many, many more people,
とてもシンプルです
called machine learning.
技術を使います
thousands of them.
ゲノムがあります
the biggest database of human beings:
最大級のデータベースがあります
思いつく限りあらゆるものが入っています
everything you can think of.
and we train a machine --
沢山の機械があって
many, many machines --
the genome in a phenotype.
理解しようと試みています
and what do they do?
何をするのか?
be used for everything,
アプローチですが
is particularly complicated.
特に複雑です
違う挑戦へと手を広げてきました
to build different challenges.
from common traits.
始めました
because they are common,
誰でも持っていることです
問い始めました
and predict your height?
予測できます
大きく依存していますが
eight kilograms of precision.
8キロの精度です
予測できるか?
80パーセントの正確さです
the code changes during your life.
塩基配列は変化していくからです
it gets insertions.
モデルを作れます
ということです
among millions of these letters.
何百万という塩基配列に分散しているし
あまり綺麗に定義できません
a very well-defined object.
まるまる階層を構築し
a machine what a face is,
必要がありました
with machine learning,
we read the first sequence --
15年が過ぎましたが
to see some signals.
目にするようになりました
coming in our lab.
実験室に来た被験者です
we reduce the complexity,
複雑さを減らします
決まるわけではなく
and asymmetries come from your life.
生きている中で生じるからです
and we run our algorithm.
アルゴリズムにかけます
from the blood.
left and right, left and right,
左の顔と右の顔を見比べ
those pictures to be identical.
してしまいます
another exercise, to be honest.
出しましょう
comes from gender,
性別から来ます
the ethnicity component of a human.
is much more complicated.
ずっと複雑になります
even in the differences,
違いはあるにしても
that we are in the right ballpark,
お分かりいただけると思います
that comes in place,
the complete cranial structure,
頭蓋の形が完全に合ってはいませんが
in the training of the machine.
これらの顔は見せていません
評価用データです
probably never believe.
かもしれませんが
in a scientific publication,
発表しているので
Chris challenged me.
挑戦を持ちかけました
and tried to predict
予測をすべきだろうと
and believe me, you have no idea
想像もつかないでしょうが
this blood now, here --
of biological information
十分な情報があります
皆さんと一緒に見ていきましょう
and I'm going to do it with you.
all the understanding we have.
積み上げていきます
we predicted he's a male.
予想しましたが
予想しましたが
the subject is 82.
実際は82キロ
and peculiar ethnicity.
モデルには決して合いません
they never fit in models.
is a complex corner case for our model.
複雑な特殊ケースに当たります
a lot to recognize people
よく使われるものの1つは
自由意志によるところがあります
but my beard cut.
髭です
in this case, transfer it --
than Photoshop, no modeling --
単なる画像加工です
much, much better in the feeling.
似た感じになります
しているのか?
for predicting height
作るためでもありません
out of your blood.
and the same approach,
助けになるからです
発生するのか
成長するのか
researchers around the world.
from a statistical approach
すべて読んで
正確に理解してあたる
of exactly how you are.
進むことができます
complicated challenge,
分かっていないからです
世界最高の頭脳が挑んでいるからです
in the world on this topic.
なっていきます
be confronted with decisions
必要のなかった決断に
ごく内的な詳細に触れようとしています
inner detail on how life works.
that cannot be confined
科学や技術の領域に
必要になるでしょう
考え始めなければなりません
we're building as a humanity.
with artists, with philosophers,
哲学者 政治家とも
理解する必要があります
that we make in the next year
永久に変えることになるのだと
ABOUT THE SPEAKER
Riccardo Sabatini - Scientist, entrepreneurRiccardo Sabatini applies his expertise in numerical modeling and data to projects ranging from material science to computational genomics and food market predictions.
Why you should listen
Data scientist Riccardo Sabatini harnesses numerical methods for a surprising variety of fields, from material science research to the study of food commodities (as a past director of the EU research project FoodCAST). His most recent research centers on computational genomics and how to crack the code of life.
In addition to his data research, Sabatini is deeply involved in education for entrepreneurs. He is the founder and co-director of the Quantum ESPRESSO Foundation, an advisor in several data-driven startups, and funder of The HUB Trieste, a social impact accelerator.
Riccardo Sabatini | Speaker | TED.com