Riccardo Sabatini: How to read the genome and build a human being
Riccardo Sabatini: Come leggere il genoma e costruire un essere umano
Riccardo Sabatini applies his expertise in numerical modeling and data to projects ranging from material science to computational genomics and food market predictions. Full bio
Double-click the English transcript below to play the video.
vi condurrò in un viaggio
I'm going to take you on a journey
il più grande sogno dell'umanità:
the biggest dream of humanity:
many, many years ago
raw material, some energy,
di materia prima e un po' di energia -
that was not there before.
prima inesistente.
e mentre tornavo a casa
I was coming back home
avevo sempre conosciuto una stampante 3D.
always knew a 3D printer.
my father and my mom in this case,
sia sua che di mio padre,
in the same media, that is food,
nello stesso supporto, cioè cibo,
discovering that she was a 3D printer,
di essere una stampante 3D,
by that piece,
fin da subito dal primo elemento,
e assemblare un essere umano?
at the beginning
stavo ancora studiando fisica
as a gigantic Lego piece.
a un gigantesco pezzo di Lego.
blocks are little atoms
siano piccoli atomi:
un carbonio qui, un azoto qui.
a carbon here, a nitrogen here.
che compongono un essere umano,
that compose a human being,
è strabiliante.
quite an astonishing number.
per assemblare un bebè,
drive to assemble a little baby,
of thumb drives --
di chiavette --
a una donna incinta, notatelo:
a pregnant lady,
amount of information
anything you heard of.
e qualsiasi cosa abbiate mai sentito.
of information that exists.
di informazione che esista.
than a young physicist,
di un giovane fisico,
a concentrare questa informazione
to pack this information
che chiamiamo DNA.
nel 1950, quando Rosalind Franklin,
when Rosalind Franklin,
to finally poke inside a human cell,
dentro una cellula umana,
srotolarlo e leggerlo per la prima volta.
un alfabeto piuttosto semplice,
a fairly simple alphabet,
A, T, C e G.
ne servono tre miliardi.
you need three billion of them.
any sense as a number, right?
di comunicare meglio,
I could explain myself better
sia questo codice.
mi servirà un po' di aiuto,
I'm going to have some help,
a presentarvi il codice
introduce the code
Dr. Craig Venter.
to sequence it, Dr. Craig Venter.
lettera per lettera:
al Canada
from the United States to Canada
una start-up, che ha fatto tutto.
Lulu.com, a start-up, did everything.
di ciò che è il codice della vita.
of what is the code of life.
posso fare una cosa divertente:
I can do something fun.
questo, per esempio.
book ... like this one.
è un libro piuttosto grande.
it's a fairly big book.
cos'è il codice della vita:
what is the code of life.
non hanno alcun senso,
dà a Craig il colore degli occhi.
the color of the eyes to Craig.
more complicated.
due lettere, in questo punto --
two letters in this position --
ad una terribile malattia:
to a terrible disease:
non sappiamo come curarla,
we don't know how to solve it,
a fare tutta la differenza.
of difference from what we are.
e mostrarvi qualcosa di notevole.
e ognuno di voi,
me, me and you, you --
che solo voi siete.
is the miracle of life that you are.
di essere tanto speciali.
when we think that we are different.
at assembling Swedish furniture,
a montare mobili svedesi,
è fuori dalla vostra portata.
is nothing you can crack in your life.
con una missione:
da questi libri,
we can learn from these books,
della medicina personalizzata,
of personalized medicine,
per migliorare la salute
should be done to have better health
dei dati e molte altre persone
and many, many more people,
chiamata apprendimento automatico.
called machine learning.
thousands of them.
i genomi -- a migliaia.
il più grande database di esseri umani:
the biggest database of human beings:
tutto ciò che vi viene in mente.
everything you can think of.
e alleniamo la macchina
and we train a machine --
molte, molte macchine -
many, many machines --
il genoma in un fenotipo.
the genome in a phenotype.
e cosa fanno.
and what do they do?
per qualsiasi cosa,
be used for everything,
è particolarmente complicato.
is particularly complicated.
to build different challenges.
e cercavamo altre sfide.
dai tratti comuni.
from common traits.
perché sono comuni,
because they are common,
a porci un po' di domande:
e predire l'altezza?
and predict your height?
di 5 centimetri.
allo stile di vita,
con un margine di errore di 8 chili.
eight kilograms of precision.
Con una precisione dell'80%.
con una precisione dell'80%.
cambi nel corso della vita.
the code changes during your life.
compaiono delle aggiunte.
it gets insertions.
e creiamo un modello.
tra milioni di queste lettere.
among millions of these letters.
non è un oggetto ben definito.
a very well-defined object.
alla macchina cos'è una faccia,
a machine what a face is,
l'apprendimento automatico,
with machine learning,
che genere di sfida sia stata.
dalla lettura della prima sequenza --
we read the first sequence --
a ricevere dei segnali.
to see some signals.
del nostro laboratorio.
coming in our lab.
di un soggetto, riduciamo la complessità,
we reduce the complexity,
derivano dalla vita.
and asymmetries come from your life.
e applichiamo il nostro algoritmo.
and we run our algorithm.
che otteniamo dal sangue.
from the blood.
a sinistra e a destra, sinistra e destra,
left and right, left and right,
di convincersi che sono uguali.
those pictures to be identical.
di fare l'esercizio opposto:
another exercise, to be honest.
deriva dal genere,
comes from gender,
dall'etnia di un essere umano.
the ethnicity component of a human.
is much more complicated.
nonostante le differenze,
even in the differences,
sulla strada giusta,
that we are in the right ballpark,
e questa è una previsione.
that comes in place,
the complete cranial structure,
la completa struttura del cranio,
che viene al nostro laboratorio,
in the training of the machine.
durante la preparazione della macchina.
serie escluse.
non immaginereste mai chi sono.
probably never believe.
su una rivista scientifica,
in a scientific publication,
Chris mi ha sfidato.
Chris challenged me.
nel cercare di fare una previsione
and tried to predict
e credetemi, non avete idea
and believe me, you have no idea
per potervela mostrare --
this blood now, here --
of biological information
c'è sufficiente informazione biologica
un'intera sequenza genomica.
e ora lo rifarò con voi.
and I'm going to do it with you.
tutta la conoscenza che avevamo.
all the understanding we have.
abbiamo previsto che fosse maschio.
we predicted he's a male.
che fosse alto 1m e 76 cm.
il soggetto pesa 82kg.
the subject is 82.
Il soggetto ha 35 anni.
il colore dei suoi occhi.
il colore della sua pelle:
molto particolare:
and peculiar ethnicity.
che non corrispondono mai ai modelli.
they never fit in models.
is a complex corner case for our model.
è un complesso caso limite
Ma c'è un altro motivo.
per riconoscere le persone
a lot to recognize people
è il mio aspetto.
in questo caso, ma quello della mia barba.
but my beard cut.
in this case, transfer it --
senza modelli 3D --
than Photoshop, no modeling --
molto molto più vicini.
much, much better in the feeling.
per predire l'altezza
for predicting height
dal nostro sangue.
out of your blood.
e lo stesso approccio,
and the same approach,
di questo codice,
nel mondo.
researchers around the world.
da un approccio statistico,
from a statistical approach
of exactly how you are.
particolarmente complicata,
complicated challenge,
stanno lavorando su questo argomento.
in the world on this topic.
be confronted with decisions
sull'essere genitori.
più profondi della vita.
inner detail on how life works.
che non può essere limitata
that cannot be confined
o della tecnologia.
una conversazione globale.
che stiamo costruendo come umanità.
we're building as a humanity.
con gli artisti, con i filosofi,
with artists, with philosophers,
c'è il futuro della nostra specie.
che prenderemo nel prossimo anno
that we make in the next year
per sempre.
ABOUT THE SPEAKER
Riccardo Sabatini - Scientist, entrepreneurRiccardo Sabatini applies his expertise in numerical modeling and data to projects ranging from material science to computational genomics and food market predictions.
Why you should listen
Data scientist Riccardo Sabatini harnesses numerical methods for a surprising variety of fields, from material science research to the study of food commodities (as a past director of the EU research project FoodCAST). His most recent research centers on computational genomics and how to crack the code of life.
In addition to his data research, Sabatini is deeply involved in education for entrepreneurs. He is the founder and co-director of the Quantum ESPRESSO Foundation, an advisor in several data-driven startups, and funder of The HUB Trieste, a social impact accelerator.
Riccardo Sabatini | Speaker | TED.com